Bahagian Pendidikan Khas merupakan bahagian yang bertanggungjawab terhadap pendidikan bagi murid berkeperluan khas menerusi Program Pendidikan Khas. Program pendidikan untuk murid berkeperluan khas bermula sejak sebelum merdeka bagi murid berkeperluan khas masalah penglihatan dan masalah pendengaran. Penglibatan kerajaan dalam pendidikan murid berkeperluan khas masalah penglihatan bermula dengan penubuhan Sekolah Pendidikan Khas Princess Elizabeth di Johor Bahru di bawah Jabatan Kebajikan Masyarakat pada tahun 1948. Manakala penglibatan kerajaan bagi pendidikan murid bermasalah pendengaran pula bermula dengan pembukaan Sekolah Kanak-kanak Pekak Persekutuan di Pulau Pinang pada tahun 1954. Selepas merdeka, kerajaan telah memperluaskan program pendidikan khas ke sekolah-sekolah biasa melalui Program Pendidikan Khas Integrasi (dahulu dikenali sebagai Program Percantuman).