Program Pendidikan Khas telah berkembang di bawah kelolaan Kementerian Pelajaran Malaysia semenjak sistem pendidikan kebangsaan diwujudkan pada tahun 1957. Satu unit khas yang dikenali sebagai Unit Pelajaran Khas telah ditubuhkan pada tahun 1964, ditempatkan di Bahagian Sekolah KPM, sehinggalah diganti dengan Jabatan Pendidikan Khas KPM mulai Oktober 1995. Dengan adanya Jabatan ini di peringkat KPM, Jabatan-Jabatan Pendidikan Negeri (sekarang Jabatan Pelajaran Negeri) telah mewujudkan Unit Pendidikan Khas di jabatan masing-masing. Dengan penstrukturan semula KPM, Jabatan Pendidikan Khas kini  dikenali sebagai Bahagian Pendidikan Khas.